在渔业生产和资源管理中，浮游动物作为鱼类（尤其是滤食性和仔稚鱼阶段）的主要天然饵料，其数量、种类组成和季节变化直接决定了水域的产潜力。因此，浮游动物检测是渔业资源评估中一项不可或缺的基础工作。无论是淡水大水面增殖渔业、海水贝类养殖区，还是海洋牧场建设，定期开展浮游动物检测都能为放养密度、投饵管理和捕捞限额提供科学依据。
对于鲢、鳙等滤食性鱼类而言，它们主要滤食浮游动物中的枝角类和桡足类。浮游动物检测可以提供单位水体中的饵料生物现存量（μg/L），结合鱼类滤食率和群体生物量，估算水体是否达到了“鱼产潜力”的上限。例如，在一座中型水库，春季浮游动物生物量通常达到峰值（约2~3 mg/L），此时适合投放鲢鳙鱼种；夏季高温期浮游动物数量下降，如果检测发现枝角类密度低于50个/L，则提示需要减少放养量或补充人工饲料。这些应用场景要求检测具有高频率（每半月一次）和快速的样品分析能力。
在仔稚鱼资源调查中，浮游动物检测的作用更加突出。仔鱼开口摄食主要依赖小型浮游动物（如轮虫、无节幼体）以及原生动物。通过同步采集仔鱼网和浮游动物网，可以建立“饵料充足性指数”。如果检测发现优势浮游动物大小为200~400μm，而仔鱼口裂为300μm，则存在摄食匹配良好；反之如果大多浮游动物个体大于500μm，仔鱼无法摄食，将导致成活率下降。这一结论在长江口和珠江口的渔业资源监测中已多次验证。因此，渔业管理部门往往要求保护区或产卵场进行连续的浮游动物检测，以判断补充群体的存活条件。
除了作为饵料，浮游动物检测也可用于预警有害水母和敌害生物爆发。例如，白色霞水母、海月水母等大型水母的浮浪幼虫和螅状体阶段也属于浮游动物范畴，通过浅水Ⅱ型网能够有效捕获。在黄东海，每年4~6月对水母螅状体及碟状体进行专项浮游动物检测，结合水温和盐度，可以提前30~45天预测水母暴发风险，为渔业捕捞规避和养殖网箱转移争取时间。同样，检测中如大量发现剑水蚤或镖水蚤，它们可能捕食鱼卵和初孵仔鱼，被视作敌害生物，需要采取生态调控措施（如放养肉食性鱼类）。
从行业实践看，浮游动物检测在渔业评估中需要特别注意两点：一是分层采样。由于浮游动物有明显的昼夜垂直迁移现象，白天深水层种类多，夜间上升到表层，因此必须在固定时间（通常为上午9~11时）采样，或进行白天和夜间两次采样后加权平均。二是生物量换算要使用新鲜或湿重直接称量，避免使用体积换算系数引入误差。许多渔业机构还要求单独检测桡足类的卵囊数量和无节幼体占比，因为这些反映了浮游动物种群的补充潜力，是判断饵料资源可持续利用的关键指标。
近年来，渔业资源评估逐渐向生态系统管理转型，浮游动物检测的数据不仅用于估算产量，还融入到Ecopath和Ecosim等食物网模型中。模型需要输入浮游动物的P/B系数（生产量/生物量）和摄食率，这些参数依赖于长期连续的检测数据。因此，渔业部门越来越重视历史检测资料的积累和不同水体之间检测方法的统一。目前正在推进的《淡水浮游动物资源监测技术规程》已明确要求检测报告必须包含饵料适口性分析和营养级转化效率计算，使得浮游动物检测真正从“计数”走向“服务资源管理”。
