传统的浮游动物检测依赖显微镜形态鉴定，对检测人员的专业经验要求极高，且难以处理样品中大量存在的微型浮游动物（如原生动物、轮虫的幼体）以及形态相近的隐存种。近年来，高通量测序技术，特别是环境DNA宏条形码方法，正在深刻改变浮游动物检测的行业格局。该方法无需分离个体，直接从水体或固定后的样品中提取总DNA，使用通用引物（如线粒体COI基因或18S rDNA V4/V9区）进行PCR扩增，然后通过Illumina等平台测序，最后比对参考数据库获得物种组成信息。
与形态检测相比，高通量测序驱动的浮游动物检测具有三个显著优势。第一，通量极高，一次测序可同时处理上百个样品，快速获得包括稀有物种在内的整个浮游动物群落图谱。第二，能鉴定形态上难以区分的姐妹种或幼体阶段，显著提升物种多样性检出率。例如，对于剑水蚤属中的隐存种，传统方法往往归为一类，而分子方法可区分不同生态型的个体。第三，对样品保存要求相对宽松，即使部分个体破裂或降解，只要DNA未完全破坏，依然可以检测到信号。
然而，高通量测序应用于浮游动物检测仍需克服一系列行业瓶颈。首先是定量问题。普通宏条形码只能给出相对序列丰度，不能直接换算为个体的密度或生物量。目前已有通过添加内标DNA或使用qPCR绝对定量的改进方案，但尚未成为标准方法。其次是数据库覆盖不全。许多淡水浮游动物（尤其是中国特有种类）缺乏可靠的参考序列，容易导致无法注释或错误注释。为此，行业正在推动区域性条形码参考文库建设，要求检测机构同步进行形态与分子比对，积累本地序列。另外，PCR扩增偏好性会导致部分类群（如甲壳类与轮虫）的扩增效率不同，影响群落比较的真实性。
在实际行业应用中，高通量测序浮游动物检测已用于快速生态调查、入侵种早期监测及大型水库的全景式评估。例如，在跨流域调水工程中，通过每月采集一次水样提取eDNA，可及时发现潜在入侵浮游动物如多刺裸腹溞的扩散边界，从而采取调控措施。同时，该技术也出现在部分环保团体发布的水生态健康指数中，作为多样性完整性程度的补充证据。但需要明确指出，目前行业法规（如《地表水环境质量标准》）并未将分子检测结果直接作为执法依据，而是将其作为参考或辅助工具。多数权威检测报告仍要求以形态学鉴定为基础，分子数据作为平行验证或深入研究的手段。
展望未来，浮游动物检测的行业方向将是“形态+分子”双轨并行。高通量测序使大规模、高分辨率的监测成为可能，而形态学检测保留了历史比对能力和计量单位（个体/升）的物理意义。两者的结果可以通过贝叶斯模型或机器学习进行融合，输出更加可靠的生态评价结论。随着测序成本持续下降和自动化文库构建设备的普及，高通量测序有望在高端监测项目和水生态健康评估中成为常规配置，但过程质量控制（如阴性对照、假阳性质控）仍需严格遵循行业指南。
