浮游植物检测方法在淡水和海水环境中存在若干显著差异，这些差异源自两类水体在盐度、浮游植物群落组成、样品保存和处理特性等方面的不同。检测人员在进行海洋或河口调查时，需要根据水体的盐度变化调整操作流程，否则可能导致计数偏差或物种鉴定错误。在采样环节，海水浮游植物采样通常使用更大体积的水样（5升至20升），因为近海和开放海域的浮游植物生物量一般低于淡水湖泊（贫营养海水叶绿素a常低于0.5微克每升）。对于海水采样，固定剂的选择需要注意：鲁哥氏液同样有效，但对于含有大量钙质壳体（如颗石藻）的海水，使用中性甲醛溶液（终浓度2%至4%）能更好地保护钙质结构。在一些深海或寡营养海域，还需要使用戊二醛固定并进行过滤浓缩（将水样通过0.22微米或0.45微米聚碳酸酯膜过滤后，将滤膜镜检或用于分子分析）。
在样品处理环节，淡水浮游植物一般采用沉降-虹吸浓缩法，但海水样品中高浓度的盐类可能影响沉降效果，且部分海水藻种个体微小容易通过虹吸流失。因此，海水样品更常采用“倒置滤膜法”或“预过滤-浓缩”法：先用20微米孔径的筛绢截留较大个体，再对滤液中的微型和微微型组分通过切向流超滤或低速离心富集。对于含有胶质和碎屑较多的近岸海水样品，可在固定前用超声波处理或低速离心去除部分干扰物，但需避免藻细胞破损。在种类鉴定方面，淡水与海水浮游植物的分类学依据不同：淡水浮游植物主要参考《中国淡水藻类志》和胡鸿钧等编著的《中国淡水藻类》等分类学文献；海水浮游植物则参考《中国海藻志》和金德祥等编著的《中国海洋浮游硅藻类》与《中国海洋浮游甲藻类》等。淡水常见类群包括绿藻门、硅藻门、蓝藻门和裸藻门等；海水则以硅藻门、甲藻门为主，此外还有大量的微型鞭毛藻、定鞭藻和隐藻。在海水镜检中，硅藻的鉴定除了观察壳面纹饰外，还常使用酸处理法去除有机质，制备永久封片以便在更高倍数下观察壳缝和壳套结构。甲藻则主要依据板片排列模式，需要进行荧光染色或扫描电镜辅助确认。
在定量计数方法上，淡水环境多采用0.1毫升计数框，海水中由于微型藻类比例更高，有时使用0.05毫升或者采用蒸发浓缩后的计数方法。对于微微型真核浮游植物和原绿球藻等近似细菌大小的个体，常规光镜无法分辨，必须采用流式细胞术或荧光显微术（DAPI或SYBR Green染色后，在蓝光激发下计数）。另外，海水样品往往盐度较高，若使用玻璃计数框，盐结晶可能损伤盖玻片，操作后需立即用纯水清洗。在数据表达方面，淡水浮游植物密度常用“×10^4 cells/L”或“×10^5 ind./L”为单位，而海水浮游植物密度变化范围极大（从贫营养海区的数十个每升到赤潮期间的千万个每升），通常以科学计数法或“×10^3 cells/L”为单位。结果报告的格式也略有差异：淡水监测报告中常附有藻类多样性指数和优势度分析，海水监测报告则将重心放在赤潮指示种和潜在有毒藻类的检出情况。目前，生态环境部发布的《近岸海域环境监测技术规范》（HJ 442系列）和《淡水浮游植物监测技术规范》（SL 733-2016）分别对两种水体环境的浮游植物检测给出了针对性规定。在实际工作中，当调查河口感潮带或半咸水湖泊（如岱海、青海湖等盐度渐变水体）时，检测人员需根据实测盐度灵活调整样品处理方法和分类依据，必要时同时参考淡水和海水的分类学资料，确保鉴定结果的准确性。
