浮游植物检测的第一步是样品的采集与保存，这一环节的操作质量直接决定了后续分析数据的有效性和可比性。采用标准化的采样方案，能够最大程度减少样品代表性误差和样品变质风险。在采样器具方面，通常使用有机玻璃采水器或改良的范多恩采水器，对不同水层的浮游植物进行分层采集。对于湖泊和水库，一般设置表层（0.5米）、中层（根据水深确定）和底层（距底泥0.5米以上）三个采样深度；对于河流水体，则需在主流水面以下0.5米处采集。每个点位采集的水样体积通常为1升至2升，若预期浮游植物密度较低，可适当增加采集量至5升。采样频率依据监测目的而定，常规水质监测为每季度一次；富营养化水体或水源地则建议每月一次；有害藻华高发季节需加密至每周或每两周一次。
样品采集后，现场固定是保存浮游植物形态的关键步骤。常用的固定剂为鲁哥氏液（Lugol's solution），其配制方法为：碘化钾20克、碘10克、冰乙酸20毫升，加纯水定容至200毫升，每升水样加入10毫升至15毫升鲁哥氏液可使藻细胞保持结构完整。对于需要长期保存或用于分子生物学分析的样品，可选用甲醛溶液（终浓度2%至4%）或戊二醛（终浓度1%）进行固定。固定后应立即将样品置于避光、低温（4℃左右）条件下保存和运输，避免高温和光线直射导致色素分解和细胞破裂。样品在保存过程中应在两周内完成沉降和浓缩处理，若超过两周需重新检查固定效果。沉降浓缩是镜检样品的前处理步骤：将固定后的水样转移至高度约25厘米、直径约5厘米的筒状玻璃沉降器中，静置沉降至少48小时，然后用虹吸管小心移除上清液，浓缩至30毫升至50毫升，最终根据藻细胞密度再浓缩至10毫升至30毫升备用。在浓缩过程中应避免扰动沉降层，防止藻细胞重新悬浮。采样现场还应同时测定水温、pH值、溶解氧、电导率和透明度等理化参数，这些参数对于解释浮游植物群落的动态变化具有辅助意义。采样记录表需详细填写点位编号、日期、时间、水层、天气状况、采水体积和固定剂用量等信息。在行业实践中，上述采样和保存操作主要依据《水质 浮游植物的测定 显微镜计数法》（HJ 1216-2021）和《淡水浮游生物监测技术规范》（SL 733-2016）等标准执行。规范的样品采集与保存是浮游植物检测工作可靠性的基础，任何采样环节的疏漏都可能导致后续分类计数结果的偏差，因此监测机构应将采样质量纳入整体质量管理体系进行定期考核。
