微型浮游植物（<20μm）如微微藻、隐藻、单细胞绿藻等在海洋和淡水生态系统中数量巨大，是水生态系统初级生产力的重要贡献者。传统显微镜计数法难以精确区分和计数这些微小藻类，尤其在细胞密度高、种类混杂的样品中，检测效率低且误差较大。流式细胞术通过激光激发细胞的自身荧光（叶绿素、藻胆素）和前向/侧向散射光信号，可每秒分析数千个细胞，实现对微型浮游植物的高通量检测，极大地提升了浮游植物检测的效率和精确度。
流式细胞术检测浮游植物的样品前处理相对简便。采集水样（50-200mL），经200μm筛网去除大型颗粒和浮游动物，加入荧光微球（直径5-10μm）作为内参，用于校正仪器稳定性和计算绝对细胞数。流式细胞仪配备488nm或蓝色激光器（功率15-200mW），检测叶绿素荧光（>650nm，红通道）和藻红蛋白荧光（575nm，橙通道），同时记录前向散射光（FSC，反映细胞大小）和侧向散射光（SSC，反映细胞颗粒度和内部结构）。通过二维散点图（FSC vs 红色荧光，SSC vs 橙色荧光）圈门，可区分不同藻类群：聚球藻（Synechococcus）表现为橙色荧光强、红色荧光中等；原绿球藻（Prochlorococcus）表现为红色荧光弱、无橙色荧光；真核微微藻（如Micromonas）表现为红色荧光强、FSC小。对于超微型藻（<3μm），需使用高灵敏度仪器（如FACSCalibur或CytoFLEX），并采用高速进样模式（60-120μL/min）。某沿海赤潮监测站应用流式细胞术对水样进行浮游植物检测，在赤潮暴发前发现微微藻密度骤增（从500 cells/mL升至8000 cells/mL），提前3天发出预警，为赤潮应急响应赢得时间。
流式细胞术对微型浮游植物的检测效率优势明显。对比传统显微镜计数，流式细胞术在检测聚球藻、原绿球藻等微微藻时，计数效率提高100倍以上（流式约5分钟/样品，镜检约2-4小时/样品），且可同时测量细胞大小、色素含量和细胞活性（通过荧光染料染色）。某海洋调查中，流式细胞术检出聚球藻丰度达2.5×10⁵ cells/mL，原绿球藻6.8×10⁴ cells/mL，而镜检法仅检出1.2×10⁵ cells/mL和3.0×10⁴ cells/mL，流式法检出数明显更高。该技术还支持细胞分选，可将目标藻类分选至单细胞水平进行后续分子鉴定。流式细胞术可检测的微型浮游植物范围广泛，包括蓝藻（聚球藻、原绿球藻）、绿藻（Ostreococcus、Micromonas）、隐藻、定鞭藻等，但对无色素或弱荧光的异养微型浮游生物检测能力有限。建议在浮游植物检测中，将流式细胞术作为微型藻类定量和群落结构快速分析的手段，与HPLC色素分析（用于估算各类群生物量）和显微镜镜检（用于验证和物种鉴定）形成互补。对于高频次监测（如每日或隔日采样），流式细胞术是理想选择；对于生物多样性调查和稀有物种检测，仍需结合形态学和分子方法。流式细胞术在浮游植物检测中的应用前景广阔，随着便携式流式细胞仪的发展，现场实时检测将成为可能，为水生态监测和水华预警提供更加高效、精准的技术手段。实际应用中，建议用户定期（每周或每两周）校准流式细胞仪的荧光通道和散射光通道，使用标准荧光微球和藻类标准品验证仪器性能，确保检测结果的可靠性和可比性。同时，建立不同水体的参考数据库，收集不同季节和不同营养水平下的微型浮游植物流式特征谱图，为异常事件的快速识别和预警提供参考依据。流式细胞术的高通量特性使其特别适合处理大量样品的监测项目，如大型湖泊、水库和近海海域的常规监测网络。
